In Schiedsverfahren agiert er als Parteivertreter und als Schiedsrichter. Er hat im Verlauf der Jahrzehnte zahlreiche schweizerische und ausländische Unternehmungen in Zivilprozessen und Schiedsverfahren vertreten, darunter F. Hoffmann-La Roche AG, Novartis Pharma AG, Sandoz AG, Acino Pharma AG.Bis 2012 war Werner Stieger Mitglied des Vorstands von INGRES sowie des Schweizer Forums für Kommunikationsrecht (SF) und einer der Herausgeber von sic!, der Schweizer Zeitschrift für Immaterialgüter-, Informations- und Wettbewerbsrecht. Er ist Autor zahlreicher Publikationen zum Immaterialgüter-, insbesondere zum Patentrecht sowie zum Prozessrecht. Während vieler Jahre unterrichtete er an der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich und an der Universität Zürich im Patentrecht.